Seit September 2002 war Kerkloh Vorsitzender der Geschäftsführung der Flughafen München GmbH und bekleidete zugleich das Amt des Arbeitsdirektors. Maßgeblich prägte er die Entwicklung des Münchner Flughafens zu einem der bedeutendsten Luftverkehrsdrehkreuze Europas und forcierte den Ausbau des Airports, der als erster Flughafen Europas im Jahr 2015 mit dem Prädikat "Five-Star-Airport" ausgezeichnet wurde. Bei den jährlich verliehenen „World Airport Awards“ des Londoner Luftfahrtinstituts Skytrax wurde die bayerische Luftverkehrsdrehscheibe mehrfach mit dem Titel „Best Airport Europe“ ausgezeichnet. Im weltweiten Ranking nimmt der Flughafen München regelmäßig vordere Platzierungen ein und zählt damit zu den besten Airports der Welt.

Das im Jahr 2003 eröffnete Terminal 2, das die FMG gemeinsam mit der Deutschen Lufthansa betreibt, wurde 2016 durch ein neues Satellitenterminal erweitert, das Platz für elf Millionen Passagiere bietet. Pünktlich und im Kostenrahmen wurde der Satellit am 26. April 2016 eröffnet. Nach einer Befragung von 14 Millionen Passagieren durch Skytrax wurde das Terminal 2 am Münchner Flughafen im Jahr 2017 als weltbestes Terminal ausgezeichnet.

Der langjährige Münchner Flughafenchef Dr. Michael Kerkloh schied am 31. Dezember 2019 aus dem Unternehmen aus.

Kerkloh ist in zahlreichen Luftverkehrsgremien vertreten. Von 2017 bis 2019 war er Präsident des Airport Council International (ACI), des europäischen Dachverbandes der internationalen Verkehrsflughäfen und vertrat die Interessen von über 500 Flughäfen in 45 europäischen Ländern. Zudem gehört er dem Board von ACI World an, der weltweiten Interessengemeinschaft der Flughäfen.

Von 2013 bis 2018 war er Präsident der Arbeitsgemeinschaft Deutscher Verkehrsflughäfen (ADV) und ist heute Mitglied des Präsidiums.

Kerkloh ist Gründungsmitglied der Frankfurter Wirtschaftswissenschaftlichen Gesellschaft (fwwg), bis 1994 hatte er den Vorsitz inne (Alumni u. a. Hans Matthöfer und Norbert Walter) und gehört heute dem Beirat an.

Seit 2011 gehört Kerkloh dem Präsidium des Bundesverbandes der Deutschen Luftverkehrswirtschaft (BDL) an. Er ist Mitglied im Verkehrsausschuss der Industrie- und Handelskammer für München und Oberbayern. Zudem ist er Mitglied des Beirats der Deutschen Zentrale für Tourismus, Vorstandsmitglied der Vereinigung der Bayerischen Wirtschaft und Mitglied im Präsidium des Wirtschaftsbeirats der Union.

Seit 2009 ist Kerkloh Präsident des Export-Clubs Bayern e.V. Außerdem gehört er dem Beirat des World Tourism Forums in Luzern an, das sich für eine nachhaltige Entwicklung des Tourismus einsetzt Geboren und aufgewachsen im westfälischen Ahlen, nahm Kerkloh nach Abitur und Wehrdienst in Göttingen das Studium der Volkswirtschaft auf. Er setzte seine Studien an der London School of Economics fort, wechselte an die Johann Wolfgang Goethe-Universität Frankfurt in Frankfurt am Main und schloss 1979 sein Studium als Diplom Volkswirt mit den Schwerpunkten Wirtschaftspolitik, Verkehrs- und Infrastrukturpolitik ab. An der Universität Frankfurt war er bis 1985 Lehrbeauftragter für Wirtschaftspolitik und promovierte zum Dr. rer. pol.